Informacje prosto z Kongresu ESHG w Paryżu (8-11.2013)
Utrzymanie najwyższego poziomu opieki genetycznej wymaga śledzenia na bieżąco tego, co dzieje się na świecie w genetyce człowieka, a najlepszą okazją do tego są spotkania naukowe genetyków klinicznych, biotechnologów i biologów molekularnych. W Europie największym, najważniejszym, najbardziej prestiżowym i najszerszym tematycznie spotkaniem jest organizowany co roku Kongres Europejskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka (European Society of Human Genetics, ESHG), w którym uczestniczą tysiące genetyków człowieka – klinicystów i naukowców – nie tylko z Europy, ale także z całego świata.
GENESIS na Kongresie ESHG w Paryżu (8-11.2013)
W 2013 roku Kongres ten odbył się w Paryżu (8-11 czerwca 2013) i uczestniczyło w nim trzech lekarzy i dwóch biologów molekularnych z GENESIS. Od lat GENESIS ma swoją reprezentację na ESHG, w tym roku tak liczną dlatego, że Kongres zapowiadał prezentację przełomowych technologii i wiele nowych podejść diagnostycznych, a większość wykładów była prezentowana podczas licznych, nawet 5-7 sesji równoległych. Podzieliliśmy się sesjami, rozdzieliliśmy i dzięki temu nie utraciliśmy niczego z najważniejszych doniesień.
Sekwencjonowanie Nowej Generacji – nowe możliwości diagnostyki genetycznej
Jak co roku, ilość przełomowych odkryć, nowych zastosowań genetyki w diagnostyce patologii człowieka i unikalnych technologii badania genomu ludzkiego była oszałamiająca. W czasie sesji ustnych i plakatowych wiodące ośrodki europejskie dzieliły się zwłaszcza swoimi doświadczeniami w zakresie zastosowania techniki sekwencjonowania nowej generacji (ang. ‘next generation sequencing’, NGS) do nowoczesnej diagnostyki chorób o złożonym podłożu. Sekwencjonowanie nowej generacji pozwala w ciągu zaledwie dwóch tygodni zbadać cały eksom pacjenta (sekwencję eksonów wszystkich genów, czyli ich odcinków kodujących) lub w ciągu kilku dni zsekwencjonować wszystkie eksony kilkunastu wybranych genów, których znaczenie jest poznane w określonej chorobie. Badania te mają już zastosowanie w badaniach naukowych i diagnostyce nowotworów, chorób tkanki łącznej (zespołu Ehlersa-Danlosa, Marfana), hipercholesterolemii, chorób arytmogennych serca, chorób rzęskowych, głuchoty, padaczek, neuropatii i in. Prowadzą do odkryć nowych genów związanych z niepełnosprawnością intelektualną, autyzmem, padaczką, zespołami wad (przykładem jest odkrycie nowego genu dla dyzostozy kończynowo-twarzowej, EFTUD2, który stał się klinicznym „bohaterem” konferencji). Wśród wystawców i firm oferujących warsztaty prym wiodły więc firmy biotechnologiczne, oferujące (niestety bardzo drogi…) sprzęt i odczynniki do sekwencjonowania nowej generacji. Wielkim zainteresowaniem cieszyły się warsztaty dotyczące wykorzystania NGS w praktyce klinicznej - zagadnień technicznych przeprowadzania eksperymentu, możliwych błędów, analizy bioinformatycznej uzyskanych danych i interpretacji danych. Ze względu na ogromne zainteresowanie tematem, nowością było poświęcenie całej jednej sesji plakatowej (94 doniesienia!) wyłącznie tej technologii. Sekwencjonowanie nowej generacji królowało również wśród prezentacji ustnych. Samej technologii zadedykowano całą jedną sesję ustną oraz większość prezentacji z sesji plenarnych, jednak przeważająca część wyników przedstawianych w pozostałych sesjach przez czołowe ośrodki europejskie i światowe była również uzyskana dzięki szerokiemu zastosowaniu NGS do analizy sekwencji DNA, sekwencji RNA (RNA-Seq), oddziaływań białko regulatorowe-DNA (ChIP-Seq). Przed polskimi naukowcami stoi teraz zatem poważne zadanie wprowadzenia technologii sekwencjonowania nowej generacji do badań naukowych i, co wydaje się dużo trudniejsze, do codziennej praktyki klinicznej.
Mikromacierze – jeszcze powszechniej stosowane
Badanie genomu za pomocą mikromacierzy aCGH (kliknij i zobacz informacje o mikromacierzy klinicznej) nadal ma ugruntowaną pozycję, ponieważ wykrywa delecje/duplikacje w genomie, które są nadal trudno wykrywalne przez sekwenatory nowej generacji. Zastosowanie mikromacierzy do diagnostyki niepełnosprawności intelektualnej, autyzmu czy wad wrodzonych nie jest już obiektem dyskusji naukowej, w krajach Europy Zachodniej jest to test diagnostyczny powszechnego użytku, od którego zaczyna się genetyczne badania w wymienionych patologiach, w większości krajów europejskich podlega on całkowitej refundacji.
Diagnostyka prenatalna – nowe metody w inwazyjnej, wejście nieinwazyjnej
Dużo czasu poświęcono zastosowanie mikromacierzy w diagnostyce prenatalnej. Zaskoczeniem był wynik zakrojonego na dużą skalę badania NICHD (USA), w którym wykazano, że przewaga aCGH nad kariotypem jest nieznaczna w przypadku izolowanego poszerzenia przezierności karkowej. Natomiast badanie metodą mikromacierzy jest rekomendowane w przypadku innych wskazań do badania inwazyjnego, jak wiek ciężarnej czy dostrzegalne w USG wady płodu. Zastosowanie mikromacierzy w diagnostyce prenatalnej niesie ze sobą jedną poważną trudność – badanie to jest tak dokładne, że może pokazać bardzo małe zmiany materiału genetycznego, co do których nie można jednoznacznie się wypowiedzieć, czy mają znaczenie kliniczne. Jedynie ścisła współpraca zespołu diagnosta/genetyk kliniczny/lekarz położnik-ultrasonografista zapewnia właściwa interpretację wyników z mikromacierzy. Zwróciliśmy uwagę, że bardzo szeroko dyskutowano również zagadnienia etyczne związane z właściwym informowaniem pacjentów korzystających z diagnostyki prenatalnej z zastosowaniem mikromacierzy o zasadzie testu i możliwych wynikach, aby byli oni świadomi trudności interpretacyjnych, możliwości wykrycia u płodu choroby objawiającej się w wieku dorosłym lub nawet choroby u nich samych.
Diagnostyka prenatalna jest szczególnie dynamicznie rozwijającą się dziedziną genetyki człowieka, wobec wprowadzenia testów badających wolny DNA w krążeniu matczynym. Testy te, o dużej czułości i specyficzności, wykrywają nieprawidłowości liczbowe chromosomów płodu (np. zespół Downa), bez konieczności nakłucia macicy ciężarnej i pobrania płynu owodniowego (kliknij i zobacz informacje o NIPT). Stają się także faktem testy nieinwazyjne oparte na badaniu DNA płodowego we krwi ciężarnej, oparte na metodzie NGS. Duża liczba informacji uzyskana z takiego badania będzie wymagała szczegółowego omówienia konsekwencji zmian genetycznych płodu dla jego zdrowia przez wysoce wyspecjalizowanych klinicystów.
EE, czyli Edukacja i Etyka
Bogata była również oferta edukacyjna konferencji. Sesje edukacyjne dotyczyły zastosowania sekwencjonowania nowej generacji w diagnostyce medycznej, diagnostyki prenatalnej i preimplantacyjnej, dystrofii rogówki, ryzyka nowotworzenia w zespołach wad oraz podłoża genetycznego padaczek.
Tegoroczne spotkanie genetyków z całej Europy zajmujących się genetyką człowieka było jak zwykle fascynujące. Dzięki nowoczesnym technikom badania genomu staje się on paradoksalnie coraz bardziej tajemniczy. Rewolucja polegająca na niespotykanej dotąd dostępności badań genetycznych, w tym badań całego genomu, powoduje, że rodzi się wiele nowych wątpliwości natury etycznej. Organizatorzy tegorocznej konferencji ESHG poważnie potraktowali również te zagadnienia. Kolejny raz stwierdzono, że prawo nie nadąża za tym, co się dzieje w genetyce i konieczne są nowe inicjatywy legislacyjne.
Podsumowanie
Cieszymy się, że mogliśmy wziąć udział w tak nadzwyczajnym spotkaniu naukowym. Nie tylko oglądaliśmy i słuchaliśmy, co robią inni, ale zaprezentowaliśmy także wyniki naszych badań. Było to możliwe dzięki temu, że od początku istnienia GENESIS konsekwentnie łączymy pracę kliniczną i diagnostyczną z pracą naukową, co pozwala na utrzymanie w GENESIS najwyższych standardów opieki genetycznej, a wielu naszym pacjentom umożliwiło najnowocześniejszą diagnostykę poprzez włączenie do projektów naukowych.
Pracujemy już nad następnymi testami genetycznymi i jesteśmy pewni, że tegoroczny pobyt na ESHG pomoże nam jeszcze poprawić standard usług dla Pacjentów Centrum Genetyki Medycznej GENESIS i podążać w naszej diagnostyce we właściwym, zgodnym z trendami światowymi, kierunku.
Chcesz zapoznać się z doniesieniami konferencyjnymi?
